劉慧卿早前出席台灣「一國兩制下的香港」研討會，發表了支持「台獨」的言論，惹來一場不大不小的風波。
劉慧卿原本是怎講的，最好當然是查聽她講話的錄音帶或查看現場筆錄，其次是翌日台灣報章的報導，但縱使缺乏上述較客觀的資料，真相仍是不難找出的。
劉慧卿自己在電台的峰煙節目承認，她說了「支持台灣公投」；最近，為了駁斥親中傳媒鋪天蓋地的攻擊，劉慧卿辯道：「他們甚至無視前國家主席江澤民提出的江八點的其中一項，要充分尊重台灣同胞的生活方式和當家作主的願望，把本人尊重台灣人自己決定自己前途的言論，肆意竄改為本人支持台獨，甚至扣上港獨的帽子」；支持劉慧卿的知名中國異見人士嚴家祺則說劉慧卿在研討會上說了一句「台灣前途由台灣人民自己決定」這樣的話。
眾所周知，台灣自古以來就是中國的一部份，但由於歷史原因和對中國大陸的疏離感，許多台灣人素來都想搞獨立，脫離中國。說許多台灣人，其實有可能超過半數，這樣，如果真的按台獨分子主張的台灣全民公投去決定台灣前途，台灣很有機會自中國分離出去。劉慧卿既然支持公投，支持台灣人自己決定自己前途而不是支持中國人決定台灣的前途，人家說她支持台獨就有真憑實據，而非她所言，將她言論「竄改」、「抹黑」了。
嚴家祺為劉慧卿辯護道：「劉慧卿說台灣前途由台灣人民自己決定，何錯之有？難道要香港人民來決定嗎？」有錯沒錯，首先得看你是否承認台灣是中國的一部份，如果承認，當然有錯，台灣前途固然不應由香港人民來決定，但亦不應由台灣人民自己決定，而應由全體中國人民來決定！
劉慧卿將自己的「台灣人自己決定自己前途」的言論和江澤民的「要充分尊重台灣同胞的生活方式和當家作主的願望」主張相提並論，這其實是對江澤民言論的誤解，甚至竄改。很明顯，江澤民所提及的「台灣同胞當家作主的願望」並非指「台灣人自己決定自己前途」，而是指在一國兩制的框架下容許台灣高度自治，與香港的情況一樣。
劉慧卿如果只是一個普通外國人，她的言論縱使惹來抨擊，問題還不致太大，但她素來以中國人自居，又是香港特別行政區立法會議員，問題的嚴重就不可同日而語了。按照中華人民共和國的憲法，台灣是中國領土不可分割的一部份，完成統一大業是全中國人民的神聖職責，劉慧卿的言論完全牴觸了憲法，劉亦放棄了盡一個中國公民的職責；作為香港立法會議員，應遵守就職誓詞，而誓詞中明確講明要維護國家統一和支持一國兩制，劉慧卿所言違背誓詞，是言行不一致，授人以柄。
我過往常說，劉慧卿缺乏政治智慧，作不了一個出色的立法會議員，現在看來，她還缺少一顆中國人的心！
